Anh bắt đầu sự nghiệp thi đấu quốc tế vào năm 1999. Sau khi trở thành một trong những cầu thủ xuất sắc nhất giải trẻ vô địch Nam Mĩ, Nelson Acosta cho anh cơ hội vào đội tuyển.

Anh chơi ở Copa America 1999 và Olympic 2000. Anh cũng tham gia vòng loại World Cup 2002 và World Cup 2006.

Sau khi không thể tham dự World Cup 2006, Pizarro cho biết sẽ giã từ sự nghiệp thi đấu quốc tế. Có hai lý do chính: anh không thích huấn luyện viên phó Juvenal Olmos và phó chủ tịch liên đoàn Reinaldo Sanchez. Lý do khiến anh rời đội tuyển là do các cầu thủ. Anh tin rằng các cầu thủ ở đội tuyển chơi cá nhân để được nổi tiếng và có một số cầu thủ trẻ tập luyện không chăm chỉ trong nhiều cơ hội, điều anh không thể chịu được. Anh cũng cho biết muốn dành thêm thời gian cho gia đình.

Sau khi cùng đội tuyển Chile giành chức vô địch Copa América 2015, Pizarro chính thức chia tay đội tuyển Chile sau 16 năm gắn bó, tổng cộng anh đã thi đấu 46 trận và ghi được 2 bàn thắng.

Bàn thắng quốc tế